審査官は、拒絶理由通知に応答して出願人が提出した意見書、補正書を参酌しても拒絶理由が解消されていないと判断したときは、その拒絶理由通知が「最初」のものか「最後」のものかにかかわらず、拒絶査定をします。
しかし、出願人は拒絶査定に不服があれば拒絶査定の謄本の送達があった日から３ヶ月以内に査定不服の審判を請求することができます。拒絶査定不服審判では、３人の審判官の合議体により拒絶査定の妥当性も含めて出願について審理され、拒絶査定を維持する拒絶審決か、拒絶査定を取り消して特許査定をする特許審決の何れかの処分が下されます。拒絶査定とは別の拒絶理由が発見されたときは、改めて最初の拒絶理由通知が発行され、意見書・補正書の提出の機会が与えられます。
拒絶査定不服審判を請求する際、審判請求と同時に明細書、特許請求の範囲又は図面の補正ができます。ただし、特許請求の範囲について補正する場合は、最初の拒絶理由通知に応答する場合よりも厳しい制限が課されます。審判請求時に明細書、特許請求の範囲又は図面の補正を伴った場合は、補正後の出願について、まず、審査官による審査が行われます。拒絶査定の理由が解消していると審査官が判断した場合は特許査定が発行され、依然として拒絶理由が存在すると審査官が判断した場合は、引き続き審判合議体により審理が行われます。
なお、最後の拒絶理由通知（最初の拒絶理由通知に対する応答時の補正によって通知することが必要になった拒絶理由のみを通知するもの。）に応答する補正が却下されたことに対する不服も、拒絶査定に対する不服審判において争うことになります。
また、拒絶査定が出た場合に、上記不服審判請求に加えて、又は、代えて、分割出願をして別途の権利化を図る道を残すこともできます。