特許権を侵害した者は、直接侵害の場合は、１０年以下の懲役又は１０００万円以下の罰金に処され、あるいはこれらの両方が科されます。間接侵害の場合は、５年以下の懲役又は５００万円以下の罰金に処され、あるいはこれらの両方が科されます。

さらに、特許権侵害行為は法人企業の業務の一環として行われることが多いので、「行為者個人を罰するほか、その法人に対しても罰金刑を科する」旨の両罰規定があります。法人に対しては、侵害行為者個人とは別に、３億円以下の罰金刑が科されます。侵害によりもたらされる利益は個人よりも法人に対して大きくなることから、法人に対する罰金刑を個人に対するものよりも重く規定しています（「法人重課」といいます）。

なお、特許権侵害罪は、平成１０年の特許法改正により、非親告罪となりましたので、告訴がなくても公訴が提起され得ます。