結論からいえば、貴社の香水瓶の形状のみからなる立体商標は、自他商品識別機能を発揮しないとして拒絶される可能性が大です。
商標法３条１項３号は、「商品の形状（包装の形状を含む。）を普通に用いられる方法で表示する標章のみからなる商標」は登録を受けることができないと定めています。これは、商品若しくは商品の包装容器の形状は、本来それ自体のもつ機能を効果的に発揮させたり、あるいは、その商品等の形状のもつ美感を追求する等の目的で選択されるものであり、本来的に商品の出所を表示し、自他商品識別標識として採択されるものではないからです。
したがって、貴社の香水瓶のように、ユニークな形状や模様を備えていても、本来的には自他商品識別標識として機能するものではないと考えられるのです。
一方、貴社の香水瓶が、使用により自他商品識別力を獲得している（商標法3条２項適用）と判断されれば、商標法３条１項３号は適用されません。しかしながら、商標法４条1項１８号に基づいて拒絶される可能性があります。すなわち、自他商品識別機能を発揮する立体商標であっても、それが、香水瓶が当然に備える特徴である判断されれば、商標登録を受けることはできないのです。
（この場合の「香水瓶が当然に備える特徴」とは・・香水瓶の立体的形状が、香水瓶の性質から通常備える立体的形状のみからなるものであること、または、香水瓶の機能を確保するために不可欠な立体的形状のみからなるものであることをいいます）
ちなみに、現在、登録されている立体商標の例としては、商品や商品の包装の形状に自他商品識別力を有する文字・図形等が付加されているもの、「ペコちゃん人形」や「カーネルサンダースおじさん人形」等、店舗の目印となる看板等として用いられているものがあります。
なお、貴社の香水瓶に関しては、意匠登録がされるまでは、一定条件下でデッドコピーから保護されます（不競法２条１項３号）。また、意匠登録後は、意匠権によって保護されますし、意匠権消滅後は、周知性等一定の条件下で保護され得ます（不競法２条１項１号、同２号）。
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