まず、他社と共同で新製品を開発したということですが、その新製品の開発について他社がどの程度関与したか吟味する必要があります。
他社が、新製品の開発に対してアイデアを提供したり、また実験等を行なってその新製品を完成させたような場合には、その他社は、新製品の開発に寄与しているので、他社と共同で発明したことになります。この場合、その他社も特許を受ける権利を有しますので、その他社が有する特許を受ける権利が移転（譲渡等）されない限り、その他社と共同（連名で）で出願をする必要があります。
一方、他社が、単なる受託として新製品の性能試験程度しか行なわず、新製品の開発に対して実質的にアイデアを提供しなかった場合には、共同で新製品を開発したことには当たらないので、単独で出願することが可能と考えます。
出願するに際しては、出願が完了するまで、その新製品について展示会を開いたり、カタログ等を領布しないように、他社と申し合わせをする必要があります。特許出願前に、展示会での展示やカタログの発行等によって、出願しようとする発明の内容が知られてしまったときには、その発明は公知のものとなってしまい、特別な手続をした場合を除いて、特許を受けることができなくなってしまいます（「特別な手続」に関しましては、「新製品を販売しましたが、売れ行きが好調なので、この製品について何か権利を取りたいと思います。可能でしょうか。」のＱ＆Ａをご参照下さい）。
なお、他社と共同出願した場合には、得られる特許権は共有のものとなり、各共有者は、他の共有者の同意を得ないでその特許発明の実施をすることができることになります。したがって、例えば他社が、貴社に比べて企業規模が大きく宣伝販売力等が大きい場合には、他社に新製品に関する市場を独占されてしまう可能性があります。その対策として、その他社と、販売方法等について契約を結んでおくことがよいと思われます。
また、共同で出願する際、各出願人の持分を定めることができます。持分は、願書に記載することができます。原則として、持分により、費用負担の割合や、得られる特許権に基づく収益の配分割合等が決まります。持分を定めた場合でも、契約で別段の定めをしていない限り、自社の実施が制約されることはありません。
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